Мюнхен, 1923 год. Два года прошло с тех пор, как Эдварда Элрика забросило в наш мир из его собственного мира, где остался его родной край, друзья и младший брат, Альфонс. Лишившись возможности применять алхимию, Эд всё это время занимался...

Государственные алхимики против гомункулов. Вы новобранец, поступивший на службу армии, на должность государственного Алхимика. Под руководством Роя Мустанга вы и остальные государственные алхимики должны спасти заложников, захваченных гомункулами....

Фильм повествует о пирате, бывшим главным противником Гола Д. Роджера - Шики «Золотым Льве». Он крадёт у Мугивар Нами и просит её вступить в его команду. Остров с загадочными животными. Коварные планы Шики. Что ждёт Мугивар в поисках Нами?...